במרכז שלם נערכים מחקרים מקוריים בטווח רחב של תחומים. פילוסופיה ומחשבה יהודית, היסטוריה יהודית וציונית, ארכיאולוגיה של ארץ-ישראל הקדומה, משפט וחוקה בישראל, מדיניות כלכלית ולימודים אסטרטגיים. באמצעות שילוב של התמקדות בפיתוח גישות יצירתיות, שעשויות לעצב מחדש את הוויכוחים האינטלקטואליים בתחומים האמורים ושל היצמדות לאמות-המידה האקדמיות הגבוהות ביותר, מבקש מרכז שלם להרחיב את גבולות הידע בשורה של דיסציפלינות חיוניות ולרתום את כוחם של הרעיונות לחיזוק היסודות והחיוניות של המדינה היהודית והעם היהודי.